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Le due pareti laterali e la controfacciata
Le due pareti laterali e la controfacciata comprendono Storie bibliche tratte dalla Genesi - con la sola esclusione del Giudizio di Salomone tratto dal Libro dei re -  disposte in triplice ordine, a partire dalla parete destra, in senso orario dall’alto verso il basso.

Nella  parete destra in basso, sopra ad una base decorata  a motivi geometrici, compaiono S. Giovanni Battista, titolare dell’oratorio e Bartolo Palmieri, il committente, le cui figurazioni aprono una lunga Teoria di santi e martiri che si snoda anche sulla parete sinistra: questa serie è quasi completamente scomparsa ed includeva forse Apostoli e Santi eremiti, mentre la parete destra presenta una scelta di personaggi di un certo grado di nobiltà (Caterina d’ Alessandria, Sigismondo di Borgogna).

Numerosi sono i santi eremiti, o legati alla Terra Santa come Onofrio e Antonio abate: molto interessante è la presenza di S.Ilarione di Cipro, il cui culto si diffonde in Europa proprio a partire da Pisa dove si trova la sua più antica raffigurazione (Camposanto, Storie degli anacoreti di Buonamico Buffalmacco, ante 1342).